Семя пред­став­ля­ет собой за­ча­точ­ный рас­ти­тель­ный ор­га­низм в эм­бри­о­наль­ной ста­дии. Глав­ны­ми ча­стя­ми се­ме­ни яв­ля­ют­ся се­мен­ная ко­жу­ра и за­ро­дыш.

Ко­жу­ра се­ме­ни пред­став­ля­ет собой ви­до­из­ме­нен­ные по­кро­вы се­мя­за­чат­ка. Она за­щи­ща­ет се­ме­на от вы­сы­ха­ния, преж­де­вре­мен­но­го про­рас­та­ния, воз­мож­ных ме­ха­ни­че­ских по­вре­жде­ний, спо­соб­ству­ет рас­про­стра­не­нию семян за счет до­пол­ни­тель­ных об­ра­зо­ва­ний – ши­пи­ков, за­це­пок, крюч­ков. Ко­жу­ра может быть де­ре­вя­ни­стой, на­при­мер у сосны си­бир­ской, фи­ни­ко­вой паль­мы; плен­ча­той (у зла­ков) или ко­жи­стой (горох, фа­соль).

За­ро­дыш се­ме­ни раз­ви­ва­ет­ся из опло­до­тво­рен­ной яй­це­клет­ки. Из за­ро­ды­ша раз­ви­ва­ет­ся новое рас­те­ние, по­это­му в нем раз­ли­ча­ют по­чеч­ку, за­ро­ды­ше­вый ко­ре­шок и се­мя­до­ли – за­ро­ды­ше­вые ли­стья. Се­мя­до­лей может быть раз­ное ко­ли­че­ство: у хвой­ных – от 6 до 12, у по­кры­то­се­мен­ных – либо одна, либо две. Хотя ино­гда число се­мя­до­лей у дву­доль­ных рас­те­ний может

быть уве­ли­че­но до 3–5 или умень­ше­но до 1 (лю­ти­ко­вые, зон­тич­ные). Вме­сте с тем в про­цес­се эм­бри­о­наль­но­го раз­ви­тия в се­ме­ни этих рас­те­ний сна­ча­ла за­кла­ды­ва­ют­ся две се­мя­до­ли, а лишь затем их число из­ме­ня­ет­ся.

Тре­тьей, но не­обя­за­тель­ной ча­стью се­ме­ни яв­ля­ет­ся эн­до­сперм – за­па­са­ю­щая ткань. Он раз­ви­ва­ет­ся из опло­до­тво­рен­ной цен­траль­ной клет­ки. В про­цес­се сво­е­го раз­ви­тия за­ро­дыш может по­треб­лять эн­до­сперм еще в пе­ри­од эм­бри­о­наль­ной за­клад­ки ор­га­нов. В этом слу­чае запас пи­та­тель­ных ве­ществ на­кап­ли­ва­ет­ся в се­мя­до­лях или же в осо­бой части се­мя­поч­ки – пери­спер­ме. Тогда го­во­рят о се­ме­ни без эн­до­спер­ма. В дру­гих слу­ча­ях эн­до­сперм и за­ро­дыш в се­ме­ни раз­ви­ва­ют­ся не­за­ви­си­мо друг от друга. Тогда за­пас­ная ткань от­кла­ды­ва­ет­ся от­дель­ным эле­мен­том и рас­хо­ду­ет­ся толь­ко в пе­ри­од про­рас­та­ния. Такие се­ме­на име­ну­ют се­ме­на­ми с эн­до­спер­мом.