Ор­га­низм рас­те­ния пред­став­ля­ет собой це­лост­ную си­сте­му, глав­ны­ми со­став­ля­ю­щи­ми ко­то­рой яв­ля­ют­ся три уров­ня био­ло­ги­че­ской ор­га­ни­за­ции: клет­ка, ткань и орган. Ор­га­ны рас­те­ния – и ве­ге­та­тив­ные, и ге­не­ра­тив­ные – на­хо­дят­ся в слож­ной вза­и­мо­свя­зи, обес­пе­чи­вая жизнь еди­но­го ор­га­низ­ма. Вза­и­мо­связь ве­ге­та­тив­ных ор­га­нов во мно­гом обес­пе­чи­ва­ет­ся един­ством про­во­дя­щей си­сте­мы ор­га­низ­ма рас­те­ния. Корни по­гло­ща­ют из почвы воду и ми­не­раль­ные ве­ще­ства, не­об­хо­ди­мые для нор­маль­но­го су­ще­ство­ва­ния всех кле­ток ор­га­низ­ма рас­те­ния. В кор­нях об­ра­зу­ет­ся ряд био­ло­ги­че­ски ак­тив­ных ве­ществ, не­об­хо­ди­мых для син­те­за хло­ро­фил­ла в клет­ках рас­те­ния. Без хло­ро­фил­ла не­воз­мо­жен фо­то­син­тез, и ко­рень по­став­ля­ет ве­ще­ства для этого про­цес­са.

В то же время син­тез слож­ных ор­га­ни­че­ских ве­ществ в кор­нях не­воз­мо­жен без по­ступ­ле­ния из места син­те­за – ли­стьев – ор­га­ни­че­ских ве­ществ, ко­то­рые не­об­хо­ди­мы всем клет­кам рас­те­ния для их роста и раз­ви­тия. Таким об­ра­зом, на­блю­да­ет­ся тес­ное вза­и­мо­дей­ствие на­зем­ной и под­зем­ной ча­стей рас­те­ния.

Цве­те­ние, со­зре­ва­ние пло­дов и семян также не­воз­мож­но без обес­пе­че­ния ге­не­ра­тив­ных ор­га­нов пи­та­тель­ны­ми ве­ще­ства­ми, по­сту­па­ю­щи­ми через цве­то­нож­ку (пло­до­нож­ку). Эти ве­ще­ства им по­став­ля­ют ве­ге­та­тив­ные ор­га­ны. На­при­мер, уда­ле­ние двух верх­них ли­стьев пше­ни­цы на по­бе­ге в пе­ри­од вы­хо­да в труб­ку при­во­дит к со­кра­ще­нию со­дер­жа­ния в се­ме­нах бел­ков и уг­ле­во­дов.

На­блю­да­ет­ся также вза­и­мо­дей­ствие ге­не­ра­тив­ных ор­га­нов между собой. Так, к се­ме­нам пи­та­тель­ные ве­ще­ства по­сту­па­ют не толь­ко из ве­ге­та­тив­ных ор­га­нов, но и из око­ло­плод­ни­ка, на­при­мер боба, струч­ка, ко­ро­боч­ки. Плод, пока он зе­ле­ный, участ­ву­ет в фо­то­син­те­зе. При этом клет­ки ис­поль­зу­ют уг­ле­кис­лый газ не из ат­мо­сфе­ры, а вы­де­ля­е­мый со­зре­ва­ю­щи­ми се­ме­на­ми при ды­ха­нии.